Hallitus muodostetaan jäsenten edustajista siten, että hallituksessa on vähintään yksi jäsen luterilaisesta kirkosta, ortodoksisesta kirkosta, katolisesta kirkosta, suomenkielistä vapaata kristillisyyttä edustavasta yhteisöstä sekä ruotsinkielistä vapaata kristillisyyttä edustavasta yhteisöstä kustakin.
Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, kolme varapuheenjohtajaa sekä vähintään neljä ja enintään kuusi muuta jäsentä. Hallituksen jäsenellä on henkilökohtainen varaedustaja. Pääsihteerillä ja rahastonhoitajalla on hallituksessa läsnäolo- ja puheoikeus.
Hallituksen toimikausi on kolme kalenterivuotta.
Hallitus on päätösvaltainen, jos läsnä on puheenjohtaja ja vähintään puolet jäsenistä niin, että vähintään kolme neuvoston jäsentä on edustettuna.
Styrelsen är ett beredande och verkställande organ. Styrelsen väljs av höstmötet. Styrelsen kan tillsätta ett arbetsutskott samt både ständiga och tillfälliga arbetsgrupper med uppgift att bereda ärenden för styrelsen.
Styrelsen utgörs av medlemmarnas representanter så att lutherska kyrkan, ortodoxa kyrkan, katolska kyrkan, samfund som representerar den finskspråkiga frikyrkligheten och samfund som representerar den svenskspråkiga frikyrkligheten har minst en medlem vardera.
Till styrelsen hör ordförande, tre vice ordföranden samt minst fyra och högst sex övriga medlemmar. Styrelsemedlemmarna har personliga ersättare. Generalsekreteraren och skattmästaren har närvaro- och yttranderätt.
Styrelsens mandatperiod är tre kalenderår.
Styrelsen är beslutför då ordföranden och minst hälften av dess medlemmar är närvarande, så att minst tre av rådets medlemmarär representerade.

Vaasaan syyskokoukseensa kokoontunut Suomen Ekumeeninen Neuvosto (SEN) valitsi 8.10.2009 yksimielisesti puheenjohtajakseen Helsingin katolisen hiippakunnan piispan Teemu Sipon alkaen 1.1.2010. Tämä oli ensimmäinen kerta kun katolisen kirkon jäsen valittiin SEN:n puheenjohtajaksi. Puheenjohtajan toimikausi on kolme vuotta.