Ekumeeninen baasis on pohjautuu , joka on ilmaistu NMKY-liikkeen perustamisasikirjassa.
SEN:n säännöt rakentuvat jäsenyyden osalta eli perustaan, joka vahvistettiin Kirkkojen Maailmanneuvoston kolmannessa yleiskokouksessa New Delhissä 1961 ja joka on yleisesti käytössä oleva kristillisen kirkon määritelmä eri ekumeenisten elinten peruskirjoissa.
Neuvosto toimii kirkkojen ja järjestöjen yhteistyöelimenä ja sen tarkoitus on:
Jäseniksi
voidaan hyväksyä Suomessa toimivat kirkot ja kristilliset yhteisöt, jotka tunnustavat Herran Jeesuksen Kristuksen Jumalaksi ja Vapahtajaksi Raamatun mukaan ja jotka sen vuoksi pyrkivät yhdessä täyttämään yhteistä kutsumustaan yhden Jumalan, Isän ja Pojan ja Pyhän Hengen kunniaksi.
Tarkkailijoiksi
voidaan hyväksyä Suomessa toimivat kirkot ja kristilliset yhteisöt, jotka tunnustavat Herran Jeesuksen Kristuksen Jumalaksi ja Vapahtajaksi Raamatun mukaan ja jotka sen vuoksi pyrkivät yhdessä täyttämään yhteistä kutsumustaan yhden Jumalan, Isän ja Pojan ja Pyhän Hengen kunniaksi.
Kumppanuusjärjetöiksi
voidaan hyväksyä Suomessa toimivat kristittyjen yhteyttä edistävät
rekisteröidyt yhdistykset ja säätiöt.
Jäsenet nimeävät edustajansa kolmivuotiskaudeksi seuraavasti:
Suomen evankelis-luterilainen kirkko: 20 edustajaa, Suomen ortodoksinen kirkko:10 edustajaa, muu kirkko tai kristillinen yhteisö: 2 edustajaa.
Jäsenten edustajilla on neuvoston yleiskokouksessa (kevät- ja syyskokous) läsnäolo-, puhe-, ääni- ja aloiteoikeus. Neuvoston yleiskokous on korkein päättävä elin.
Tarkkailijakirkkojen edustajilla on neuvoston kokouksessa läsnäolo- ja puheoikeus. Tarkkailijat voivat nimetä edusajansa myös SEN:n jaostoihin. Jaostotyöskentelyssä tarkkailijan edustajalla on em. oikeuksien lisäksi myös äänioikeus.