Kokouksissa on myös erityinen ja ajankohtainen teema, jonka järjestetään kaikille avoin seminaari tai keskustelutilaisuus. Kevätkokous järjestetään pääkaupunkiseudulla ja syyskokous pääkaupunkiseudun ulkopuolella.

Raamattu ja sen kääntäminen oli keskiössä SEN:n kevätkokouksessa 27.4.2012. Kokouspaikkana oli Keravan ev.-lut. seurakunnan Savion seurakuntatalo. Isäntäseurakunnan edustajat ottivat kokousväen ystävällisesti vastaan. Tämä enteili sitä myönteistä ja lämminhenkistä tunnelmaa, jota mukana olleet saivat kokea koko päivän.

SEN kokoontui vuoden 2011 syyskokoukseensa Porvooseen 13.–14. lokakuuta. Borgå svenska domkyrkoförsamling ja muut kristilliset seurakunnat osallistuivat järjestelyihin ja tarjosivat kokoukselle tilojaan. Puheenjohtaja nosti avauspuheessaan uskontojen kohtaamisen keskeisyyden yhteiskuntarauhalle. Kirkon Ulkomaanapu liitettiin SEN:n kumppanuusjärjestöjen joukkoon. Toisen kokouspäivän seminaarissa käsiteltiin teemaa Näkyvä ykseys.

Kevätkokouksessa 28. huhtikuuta 2011 Helsingin Saalem-seurakunnassa luovutettiin ensimmäinen Ekumeeninen teko -tunnustus ja sen sai Forssan Katukirkkoyhdistys. Kokous valitsi myös pääsihteerin seuraavaksi viisivuotiskaudeksi ja valituksi tuli isä Heikki Huttunen, joka aloittaa 1.8. toisen kauden tässä tehtävässä. Kokoukseen liittyi myös uskonnonvapautta käsitellyt seminaari, jossa kuultiin kiinnostavia alustuksia.

Siirtolaisuus oli teemana Suomen Ekumeenisen Neuvoston syyskokouksessa 28.–29. lokakuuta Uudessa-Valamossa Heinävedellä. Kokous käsitteli sääntömääräiset asiansa, jotka syksyllä suuntautuvat seuraavan vuoden toiminnan suunnitteluun. SEN:oon liittyi myös kaksi uutta kumppanuusjärjestöä, sekä kehitysyhteistyöjärjestö .

SEN:n kevätkokous pidettiin 19.4.2010 Suomen Lähetysseurassa Helsingissä. Lähetysjohtaja Seppo Rissanen toivotti kokousväen tervetulleeksi ja johdatti alkuhartauteen. Kevätkokouksen sääntömääräisiin asioihin kuuluvat edellisen vuoden toimintakertomuksen ja tilinpäätöksen käsittely. Kokoukseen liittyväksi seminaariteemaksi oli otettu Edinburgh 1910 ja ekumeeninen lähetysnäky. Kaksi merkittävää ekumeenista julkaiusua näkivät myös päivänvalon kokouksen aikana.

Vaasaan syyskokoukseensa kokoontunut Suomen Ekumeeninen Neuvosto valitsi 8.10.2009 yksimielisesti puheenjohtajakseen Helsingin katolisen hiippakunnan piispan Teemu Sipon. Tämä on ensimmäinen kerta kun katolisen kirkon jäsen on SEN:n puheenjohtaja. Kokous käsitteli sääntömääräset syyskokousasiat ja keskusteli aktiivisesti myös lasten oikeuksista.
Suomen Helluntaikirkko hyväksyttiin hakemuksestaan Suomen Ekumeenisen Neuvoston tarkkailijaksi 20.4. Kirkkonummella pidetyssä kevätkokouksessa. Kysymys on kirkkohistoriallisesti merkittävästä tapahtumasta ja helluntaikirkko toivotettiin lämpimästi tervetulleeksi ekumeeniseen yhteyteen.
Kokouksen seminaariosuudessa tarkasteltiin Suomen sodan 1809 melskeitä ja seurakuksia kirkkojen kannalta.
Neuvoston syyskokous järjestettiin Lahdessa 16.17.10.2008. Ensimmäisen päivän isäntänä toimi ja kokouspaikkana oli Ristinkirkko. Toisena kokouspäivänä isäntänä toimi jonka tiloissa järjestettiin seminaari Maahanmuuttajien kohtaaminen.
Kevätkokoukseen kokoonnuttiin 27.3. Kultuurikeskus Sofiaan, joka sijaitsee Helsingin Kallahdessa. Aamupäivällä pidettiin seminaari, jossa teemana oli Jumalallinen viisaus postmodernissa hämyssä. Myös Suomen Kristillisen Rauhanliikkeen rauhanpalkinto luovutettiin SEN:lle huomionosoituksena Kirkot ja maahanmuuttajat -ohjelmasta.
Yhdeksänkymmentä vuotta toiminut Suomen ekumeeninen neuvosto piti syyskokouksensa Turussa 18.–19.10. Myös Mikael Agricolan juhlavuosi näkyi kokouksen ohjelmassa kun merkkivuoden teemoihin tuotiin ekumeeninen ulottuvuus.

Viime aikoina on näyttänyt siltä, että EU ymmärretään ensi sijassa taloudellisena, poliittisena tai sotilaallisena yhteisönä. Kirkkojen on syytä muistuttaa EU:n syntyajan perustavista lähtökohdista. EU tarvitsee myös sielun.
Jyväskylän ortodoksinen ja ev.lut. kaupunkiseurakunta isännöivät syyskokousta 12.13.10. Jyväskylässä. Kokouksen yleisteemana oli Yhteiskuntavastuun teoria ja käytäntö.

Globaali ekumenia etsii uusia väyliä. Näin otsikoi emerituspiispa Jonas Jonson alustuksensa Suomen ekumeenisen neuvoston kevätkokouksessa 3.4.2006. Espoon Olarin ev.lut. seurakunnan kirkossa.

Suomen ekumeeninen neuvosto (SEN)kokoontui syyskokoukseensa Iisalmeen, jossa kokousta isännöivät ortodoksinen ja luterilainen seurakunta. Kokouksessa olivat esillä sääntömääräiset asiat, kuten ensi vuoden toiminta- ja taloussuunnitelma. Keskusteluteemana oli Mitä se meille merkitsee?
Päivien aikana vallitsi erinomaisen lämmin ja vieraanvarainen ilmapiiri. Kokousvieraat saivat mahdollisuuden tutustua ylä-savolaiseen elämänpiiriin myös muun kuin seurakunnallisen elämän osalta. Muun muassa Iisalmen kaupunginjohtaja Martti Harju otti kokousväen vastaan Raatihuoneella.
Ekumeeninen jumalanpalveluksessa keskiviikkoiltana oli Iisalmen Vanhankirkon täydeltä väkeä. Jumalanpalveluksessa puhuivat arkkipiispat Jukka Paarma ja Leo sekä piispa Wille Riekkinen.
Toisen kokouspäivän kolmesta esitelmästä kaksi on luettavissa tältä sivulta.
Nils G. Holm, professor i religionsvetenskap vid Åbo Akademi
Föredrag vid Ekumeniska rådets vårmöte i Kristuskyrkan i Helsingfors den 18 mars 2004.
Lyhennelmä suomeksi professori Nils G. Holmin ruotsiksi pitämästä alustuksesta Suomen ekumeenisen neuvoston kevätkokouksessa Kristuskirkossa Helsingissä 18. maaliskuuta 2004. Suomennos: Mirja Sevón.