Jaoston tehtävänä on käsitellä ajankohtaisia eettisiä kysymyksiä ekumeenisesta näkökulmasta. Erityistä huomiota kiinnitetään terveydenhuollon etiikan kysymyksiin ja ihmisarvoon liittyviin kysymyksiin. Jaosto järjestää seminaareja ja keskustelutilaisuuksia ajankohtaisisa etiikan alan teemoista.
Eettisten kysymysten jaosto on toiminut vuodesta 1988, jolloin perustettiin Terveydenhuollon etiikan jaosto, joka toimintansa alkuvaiheessa keskittyi erityisesti Kirkkojen maailmanneuvoston (KMN) lääketieteen komission (Christian Medical Commission, CMC) esillä pitämiin kysymyksiin. Kirkkojen maailmanneuvoston rakenteen uudistumisen myötä CMC:n toiminta on nykyään osa KMN:n ohjelmaa
Vuonna 2000 Terveydenhuollon etiikan jaoston toimintasektoria laajennettiin käsittämään eettisiä kysymyksiä laajemmin ja nimi muutettiin Eettisten kysymysten jaostoksi.