Heikki Huttunen on syntynyt 1.2.1960. Hän on valmistunut teologian maisteriksi Helsingin yliopistosta1985. Teologian jatko-opintoja hän on suorittanut Joensuun yliopistossa. Väitöstutkimusta hän tekee tunnetun ekumeenisen vaikuttajan isä Paulos Mar Gregorioksen teologiasta.
Teologian maisteriksi valmistumisensa jälkeen hän toimi Genevessä (KMN) nuoriso-osaston johtajana 1985-1989. Papiksi Heikki Huttunen vihittiin 1985, diakoniksi vuotta aikaisemmin. Rovastin arvon hän sai 6.12.2011.
Vuodesta 1989 hän on toiminut pappina Helsingin ortodoksisessa seurakunnassa. Viimeksi alueellisen toiminnan esimiehenä ja Espoon-Kauniaisten pappina. Tästä tehtävästä hän siirtyi SEN:n pääsihteeriksi. Ensimmäinen viisivuotiskausi oli 1.8.2006-31.7.2011 ja toinen viisivuotiskausi alkoi 1.8.2011.
Heikki Huttunen om muun muassa Kirkkojen maailmanneuvoston keskuskomitean jäsen. Hän edustaa siinä Suomen ortodoksista kirkkoa.
Heikki Huttunen toimi pitkään edustajana SEN:ssa ennen valitnaasa pääsihteeriksi. Hän oli usean vuoden ajan myös SEN:n hallituksen varapuheenjohtaja.
Hän on myös Suomen ortodoksisen kirkon kirkolliskokouksen jäsen vuodesta 1998. Heikki Huttunen on muun muassa ollut kirkkonsa edustajana neljässä viimeksi pidetyssä .
Pääsihteeri Heikki Huttunen puhuu suomea, ruotsia, englantia, venäjää, ranskaa, espanjaa ja viroa. Lisäksi hänen kielitaitonsa ulottuu nykykreikkaan, bysanttilaiseen kreikkaan, kirkkoslaaviin, karjalan kieleen sekä saksaan.
Heikki Huttunen on avioliitossa uskonnonopettaja, FM Leena Mikkilä-Huttusen kanssa ja perheeseen kuuluu kaksi lasta.
Suomen Ekumeenisella Neuvostolla on ollut päätoiminen pääsihteeri vuodesta 1971 alkaen, jolloin tehtävässä aloitti Risto Cantell. Hänen jälkeensä tehtävää ovat hoitaneet Inga-Brita Castrén, Jaakko Rusama ja Jan Edström.