Styrelsen är ett beredande och verkställande organ. Styrelsen väljs av höstmötet. Styrelsen kan tillsätta ett arbetsutskott samt både ständiga och tillfälliga arbetsgrupper med uppgift att bereda ärenden för styrelsen.
Styrelsen utgörs av medlemmarnas representanter så att lutherska kyrkan, ortodoxa kyrkan, katolska kyrkan, samfund som representerar den finskspråkiga frikyrkligheten och samfund som representerar den svenskspråkiga frikyrkligheten har minst en medlem vardera.
Till styrelsen hör ordförande, tre vice ordföranden samt minst fyra och högst sex övriga medlemmar. Styrelsemedlemmarna har personliga ersättare. Generalsekreteraren och skattmästaren har närvaro- och yttranderätt.
Styrelsens mandatperiod är tre kalenderår.
Styrelsen är beslutför då ordföranden och minst hälften av dess medlemmar är närvarande, så att minst tre av rådets medlemmar är representerade.