Hallitus on valmisteleva ja toimeenpaneva elin. Syyskokous valitsee hallituksen. Hallitus voi asettaa työjaoston sekä pysyviä ja tilapäisiä työryhmiä, joiden tehtävänä on valmistella asioita hallitukselle.

Hallitus muodostetaan jäsenten edustajista siten, että hallituksessa on vähintään yksi jäsen luterilaisesta kirkosta, ortodoksisesta kirkosta, katolisesta kirkosta, suomenkielistä vapaata kristillisyyttä edustavasta yhteisöstä sekä ruotsinkielistä vapaata kristillisyyttä edustavasta yhteisöstä kustakin.

Hal­lituk­seen kuuluu puheenjohtaja, kolme vara­puheenjoh­tajaa sekä vähintään neljä ja enintään kuusi muuta jäsen­tä. Hallituksen jäsenellä on henkilökohtainen varaedustaja. Pääsih­teerillä ja rahas­ton­hoitajalla on hallituksessa läsnäolo- ja puheoikeus.

Hallituksen toimikausi on kolme kalenterivuotta.

Hallitus on päätösvaltainen, jos läsnä on puheenjohtaja ja vähintään puolet jäsenistä niin, että vähintään kolme neuvoston jäsentä on edustettuna.

Styrelsen är ett beredande och verkställande organ. Styrelsen väljs av höstmötet. Styrelsen kan tillsätta ett arbetsutskott samt både ständiga och tillfälliga arbetsgrupper med uppgift att bereda ärenden för styrelsen.

Styrelsen utgörs av medlemmarnas representanter så att lutherska kyrkan, ortodoxa kyrkan, katolska kyrkan, samfund som representerar den finskspråkiga frikyrkligheten och samfund som representerar den svenskspråkiga frikyrkligheten har minst en medlem vardera.

Till styrelsen hör ordförande, tre vice ordföranden samt minst fyra och högst sex övriga medlemmar. Styrelsemedlemmarna har personliga ersättare. Generalsekreteraren och skattmästaren har närvaro- och yttranderätt.

Styrelsens mandatperiod är tre kalenderår.

Styrelsen är beslutför då ordföranden och minst hälften av dess medlemmar är närvarande, så att minst tre av rådets medlemmarär representerade.